乡镇机构诞生的时间不长，起于晚清末年，在民国时期，设置了乡公所。1949年以来，处于市县和村庄之间的这一级机构成了社会革命的实验田，管辖范围忽大忽小，其存在也忽有忽无，在1958－1982年期间，乡镇一级被人民公社取代，由于人民公社是党政商学兵一体化的组织，因而在公社之上，又设立区一级机构，协助县级组织统辖乡村事务。

1978年农村开始推行土地承包制，原有的人民公社体系解体，乡村地区重新设置乡镇一级机构，据统计，上世纪80年代中期全国共有乡镇9万余个，平均人口不足1万。随着大力发展小城镇政策的出台，在农村地区财富积累极度缺乏的情况下，应对之策就是合并小乡，成立大乡，乡镇数量减少至4.3万余个。

从1993年起，分税制开始实施，乡镇企业在市场经济逐渐深化过程中也由繁荣转为衰落。乡镇管理机构在收入减少，开支增大的情况下，把创收的算盘锁定在包产到户后生活条件有所改善的农民身上，乡提留、村提留，各类罚款、税费层出不穷。九十年代中后期，纯农业地区每个农民及其家庭成员人均承担税费在每人每年200元－300元之间，超过农民全年粮食种植能够获得的纯收入。如果农村家庭中在粮食种植外没有其它收入，将无法缴纳乡镇以及村上的各项费用。这一段时间，农民外出打工潮开始涌现，很多没有条件外出打工的农民不得不卖血谋生，河南、安徽、四川等地爆发的因卖血感染上爱滋病的社会灾难是这一时期乡镇职能错乱的副产品。

这样的情况一直持续到2000年湖北监利县棋盘乡党委书记李昌平“我向总理讲真话”：“农民真苦，农村真穷，农业真危险”。至此，农村税费改制被提上日程，并最终演变成农业税在2006年被全面取消。

农村税费改制后，原有的乡镇机构在财政上无力维持，走上了借债运营的路子，乡镇债务迅速膨胀。

为了应对乡镇机构的财政危机，减员裁人，合乡并镇提上了日程，至2005年，乡镇总数减少至35473个，比1996年又减少了8千余个，按照相关部门的规划，乡镇一级的最终数量将减少到3万个，乡镇平均人数接近3万人。

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